Zbrodnie te, będące konsekwencją niemieckiego programu ludobójstwa, zostały zakwalifikowane jako zbrodnie wojenne i zbrodnie przeciwko pokojowi przez Międzynarodowy Trybunał Wojskowy w Norymberdze w 1946.

W czasie najazdu na Polskę w 1939, działania niemieckich sił zbrojnych były niejednokrotnie prowadzone z pogwałceniem prawa międzynarodowego i wojennego, w szczególności konwencji haskich.

Przygotowania do tzw. wojny totalnej, przewidujące zniszczenie nie tylko polskich sił zbrojnych lecz także ludności cywilnej m. in. poprzez barbarzyńskie bombardowania pozbawionych znaczenia strategicznego miast Polskich np. 1 września w wyniku nalotu niemieckiego Luftwaffe zbombardowano Wieluń, gdzie zginęło 1200 obywateli polskich, a także miasto Frampol.

Zbrodni na polskich jeńcach wojennych i cywilnych mieszkańcach dokonywały w szczególności Einsatzgruppen, Wehrmacht, który uczestniczył bezpośrednio w 311 zbiorowych egzekucjach na polskiej ludności cywilnej i żołnierzach Wojska Polskiego. Największe zbrodnie wojenne na jeńcach wojennych miały miejsce w Ciepielowie (ok. 300 ofiar śmiertelnych), Zambrowie (ok. 200 ofiar), Śladowie (ok. 300 ofiar), Uryczu (ok. 73 -100 polskich jeńców wojennych spalonych żywcem) i wielu innych miejscowościach. Ogółem, w okresie od 1 września do 26 października, różne siły niemieckie wykonały 764 egzekucje.

Żołnierze Wehrmachtu stanowili także osłonę dla tysięcy innych masowych mordów dokonywanych przez oddziały niemieckiego Selbstschutzu (złożone z mniejszości niemieckiej) i bojówek Volksdeutschów oraz jednostki policji i Grup Operacyjnych SD, przydzielanych jeszcze przed agresją na Polskę do każdej armii Wehrmachtu.

Większość zbrodni w kampanii wrześniowej realizowanych było w ramach Operacji Tannenberg (niem. Unternehmen Tannenberg) - w czasie jej trwania, w okresie tzw. zarządu wojskowego, od 1 września 1939 do 25 października 1939, w sumie wymordowano od 20000 do 24000 obywateli polskich.

Na jesieni 1939, po zakończonych działaniach zbrojnych w kampanii wrześniowej, różne formacje niemieckie przystąpiły do realizacji tzw. "Akcji Inteligencja" (niem. Intelligenzaktion), trwającej z przerwami do 1943 roku, wymierzoną w polską elitę intelektualną. "Akcja Inteligencja" przebiegała z różnym nasileniem w poszczególnych rejonach okupowanej Polski, najwięcej zbrodni popełniono na Pomorzu (Intelligenzaktion Pommern, ok. 23000 ofiar śmiertelnych), Wielkopolsce (Intelligenzaktion Posen, ok. 2000 ofiar), Mazowszu (Intelligenzaktion Masovien, ok. 6700 ofiar), Śląsku (Intelligenzaktion Schleisen, ok. 2000 ofiar), Łodzi (Intelligenzaktion Litzmannstadt, ok. 1500 ofiar), a także w tzw. akcjach specjalnych, z których największe to Akcja AB (Ausserordentliche Befriedungsaktion, ok. 3500 ofiar), Sonderaktion Krakau i Zweite Sonderaktion Krakau (ok. 187 ofiar, uczonych i pracowników naukowych z Uniwersytetu Jagiellońskiego), oraz wymordowanie 27 uczonych ze Lwowa (Mord profesorów lwowskich).

Elementem polityki terroru okupanta niemieckiego były masowe egzekucje, przeprowadzane w większości bez procesu sądowego, ze złamaniem prawa międzynarodowego. Egzekucje były metodą zastraszania społeczeństwa i osłabienia woli oporu.

Miejscami największego nasilenia egzekucji masowych w Polsce były:

• Okolice Warszawy, w szczególności Palmiry (Cmentarz w Palmirach) i Wawer (Zbrodnia w Wawrze), Magdalenka, Lasy Kabackie i Piaseczyńskie, Szwedzkie Górki na Żoliborzu, Zielonka oraz ogrody sejmowe przy ul. Wiejskiej w Warszawie.
• Okolice Nowego Sącza (Cmentarz Żydowski przy ul. Tarnowskiej, ok. 25000 ofiar, Żydów i Polaków), Ciechanowa, Giełczyna (Las Giełczyński, ok. 12000 pomordowanych), Białegostoku (Las Wilczy Grunt, ok. 16000 ofiar), Sępólna Krajeńskiego (Lasy Karolewskie, ok. 8 do 10000 ofiar), Świecia (Las Królewski, ok. 10000 zamordowanych), Zakopanego, Lublina (Lasy krępieckie, ok. 30000 ofiar), Zamościa (Rotunda Zamojska, ok. 8000 ofiar), Lwowa, Stanisławowa, Równego, Wilna, Grodna, Kielc w Skarżysko Kamiennej, Krakowa (m. in. Las Buczyna w Zbylitowskiej Górze, ok. 8000 ofiar), Łodzi (Lasy lućmierskie, ok. 11000 zamordowanych), Oborniki pod Poznaniem (Lasy Rożnowskie, ok. 12000 ofiar), Wejherowo (w pobliżu wsi Wielka Piaśnica, ok. 12000 ofiar), Starogard Gdański (Las Szpęgawski, ok. 5-7000 pomordowanych), Bydgoszcz (tzw. Dolina Śmierci, 5-7000 pomordowanych) oraz Zbrodnia w Bochni.

Przez 55 dni, od 1 września do 26 października, kiedy to dowództwo Wehrmachtu sprawowało władzę wojskową na zajętych polskich terytoriach (27 października przekazano ją cywilnej administracji niemieckiej), Wehrmacht uczestniczył w 311 zbiorowych egzekucjach na polskiej ludności cywilnej i żołnierzach Wojska Polskiego. W okresie od 1 września do 26 października, różne siły niemieckie wykonały łącznie 764 egzekucje w których zginęło 24 tys. obywateli polskich.

Masowych zbrodni dokonywał Wehrmacht i inne formacje niemieckie na terenie Wielkopolski, rozstrzeliwano ludność cywilną bez sądu za stawianie zbrojnego oporu, posiadanie broni lub amunicji, niepodporządkowanie się nakazom niemieckiego zarządu wojskowego. W dniach 1-2 września zginęło 37 polskich mieszkańców wsi Torzeniec, we wsi Wyszanów postąpiono podobnie, zabijając także kobiety i dzieci oraz trzech polskich jeńców wojennych. W pobliskim Podzamczu zamordowano 20 mieszkańców a dalszych 18 rozstrzelano i zakłuto bagnetami we wsi Mączniki. Podobne incydenty miały miejsce w wielu pomniejszych miejscowościach w Wielkopolsce.

Głównymi odpowiedzialnymi za zbrodnie Wehrmachtu w Wielkopolsce byli generałowie Johannes von Blaskowitz, jako dowódca 8 Armii i Günther von Kluge dowodzący 4 Armią.

Ogółem różne siły niemieckie Wehrmacht, Selbstschutz, Freikorps, Luftwaffe i policja niemiecka spaliły w czasie kampanii wrześniowej ponad 434 wsi polskich, co w większości przypadków połączone było z egzekucjami ich mieszkańców. Akty te były działaniami bezprawnymi, odbywającymi się wbrew prawu i zobowiązaniom międzynarodowym, bez wojskowej konieczności i często po zakończeniu walki.

Licznych zbrodni na obywatelach polskich dokonywały także oddziały Freikorpsu, policji niemieckiej oraz tzw. straży obywatelskiej w województwie śląskim, gdzie w okresie od 4 do 30 września 1939 wymordowano ok. 1023 osób.